Basis für die Therapie ist die so genannte Funktionsanalyse, die aus einem Test- und Überprüfungsverfahren besteht. Der Therapeut erstellt auf den Betroffenen zugeschnittene Kontrollbefunde, die den Beschwerden des Individuums entsprechen (z.B. veränderter Gang oder schmerzhafte Bewegungen). Daraufhin führen Betroffener und Therapeut Übungen durch und überprüfen den Nutzen der Aufgabe anhand dieser Kontrollbefunde. Diese sollen während der gesamten Therapie angepasst werden.
Die Übungen können beispielsweise Dehnungen, Training von Alltagsbewegungen, Wärmeanwendungen und die Entlastung der betroffenen Körperregion umfassen. Die Ziele der Brügger-Therapie sind der Abbau von Schmerzen und Störfaktoren, das Wiedererlernen der aufrechten Körperhaltung im Alltag, die Korrektur der Statik des gesamten Körpers, das Lösen von Muskelkontraktionen und das Wahrnehmen und Erlernen einer gesunden Körperhaltung.